流式細胞儀在使用前，甚至在使用過程中都要精心進行調試，以保證工作的可靠性和最佳性。調試的項目主要是激光強度、液流速度和測量區的光路等。

　　1、激光強度：除調整反射鏡的角度以調整到所需波長的激光出光外，還要結合顯示屏上的光譜曲線使激光的強度輸出為最大。

　　2、液流速度：可通過操作臺數字顯示監督，調節氣體壓力大小以獲得穩定的液流速度。

　　3、測量區光路調節：這是調試工作的關鍵。需要保證在測量區的液流、激光束、90散射測量光電系統垂直正交，而且交點較小。一般可在用標準熒光微球等校準中完成。

　　

　　流式細胞術中所測得的量是相對值，因此需要在使用前或使用中對系統進行校準或標定，這樣才能通過相對測量獲得絕對的意義。因而FCM中的校準具有雙重功能：儀器的準直調整和定量標度。標準樣品應該穩定，有形成份形狀應是大小比較一致球形，樣品分散性能良好，且經濟、容易獲得。常用標準熒光微球作為非生物學標準樣品，雞血紅細胞做為生物學標準樣品。微球用樹脂材料制作，或標有熒光素，或不標記熒光素。